Metoda diagnostyczna,która jest inwazyjna. Polega ona  na nakłuciu igłą jamy owodni. Z reguły wykonywana jest pod kontrolą ultrasonografii. Można wykonać amniopunkcję późną (między 15. a 20. tygodniem) i amniopunkcję wczesną (po zakończonym 14. tygodniu).  Amniopunkcja wykonuje się w celu diagnostyki prenatalnej. Amniopunkcja ze wskazań terapeutycznych ma na celu upuszczenie nadmiaru